Наряду с общероссийскими программами Фонд осуществляет специальные программы нацеленные на поддержку науки и образования в определенных регионах или Университетах.
На данный момент запущены следующие программы:
- Физический Факультет МГУ, нацеленная на повышение уровня преподавания и научных исследований на Физическом факультете МГУ имени М.В.Ломоносова
- Институт теоретической и математической физики МГУ
- Механико-математический Факультет МГУ, нацеленная на повышение уровня преподавания и научных исследований на Механико-математическом факультете МГУ имени М.В.Ломоносова
